本校為落實環境保護及安全衛生管理工作，於民國85年設置「環境保護委員會」，於民國87年設置「安全衛生委員會」；並依勞工安全衛生相關法規於民國89年設置直接隸屬雇主之勞工安全衛生管理單位「環境保護及安全衛生中心(簡稱環安中心)」。

       環安中心為一級單位，置主任一人，由總務長擔任；專任環境保護專責人員1名、職業安全衛生管理人員1名及行政人員1名。下設環境保護小組、安全衛生小組及毒化物管理小組，以任務編組方式各設組長一人，由水資源及環境工程學系主任、化學工程與材料工程學系主任及化學系主任兼任之。

        環安中心主要業務為環境保護及勞工安全衛生教育之推動；實驗室及實習場所工作環境之影響評估、督導；校園污染行為之防治、監測及管制；校園環境品質提昇計畫、校園內職業災害防制、勞工安全與健康保障之規劃、建議及督導及列管毒性化學物質管理等工作，以達成本校：

一、推動校園環保教育，奠定永續環保根基；

二、提升能資源使用效率，創造綠色校園；

三、推動資源回收再利用，維護自然資源；

四、落實污染防治及減量，保護自然環境；

五、遵守環境保護法規，向社會大眾公開之環境政策。

       環安中心每學期於開學之初進行實驗室勞工安全衛生教育訓練，以維持實驗室零災害發生；推行ISO14001環境管理系統及ISO45001職安管理系統，並規劃及執行稽核制度。本校自民國92年起台北校園及淡水校園通過ISO14001環境管理系統驗證；民國99年12月並辦理蘭陽校園延伸驗證通過。民國102年12月通過OHS18001並於民國111年12月通過ISO45001改版驗證，藉由與國際管理認證制度接軌，提升健康安全校園品質管理，以建立永續校園。

本校環保安衛管理組織除環安中心外，另設置有「環境永續暨管理系統推動委員會」及「環境保護及安全衛生委員會」。

       「環境永續暨管理系統推動委員會」每學年召開會議1次，必要時得召開臨時會議。主要任務為督導全校ISO環安管理系統推動事宜；建立、維持及改善管理系統；審定本校之能源及環安政策，並檢討其成效及目標之執行；並針對稽核缺失及建議檢討改進。

「環境保護及安全衛生委員會」於民國99年3月25日正式由環境保護委員會及安全衛生委員會合併成立。每3個月舉行會議1次，必要時得召開臨時會議。除實驗室例行環安業務工作檢討外，並提供環境保護相關技術及法規等諮詢服務；規劃、督導各單位之安全衛生管理；擬定與實施毒性化學物質管理規定及危害預防與應變計畫等。